Local con iva y complementaria?

Hola Cristina, excelente, tu aporte a esta causa y muchas gracias por tú tiempo e interés.
Mi consulta va referente a que he comprado un local en Galicia, a un banco en una situación especial, del cual el banco en vez de ITP, lo hizo con iva, ya que había sido una dación en pago por parte de una empresa que había quebrado.
Yo el iva, no lo he pagado ya que me di de alta en hacienda como particular arrendador con iva y así poder descontarlo con los cobros de la renta.
El impuesto que he pagado, solo fue el 1,5% de actos jurídicos. Pues la Xunta me manda una carta de comprobación de valores y dice que dicho local vale el doble de lo pagado y me hace la liquidación por ese importe. Ahora bien, si yo asumo el costo de lo que ellos dicen y pago, esto no genera que hacienda me diga que el iva que les debo es por el importe de la comprobación? Cosa que duplicaría mi deuda con hacienda por el iva de la compra. Esto seria así? o solo con pagar la diferencia de la comprobación, quedaría saldado?
Reitero mi agradecimiento por tú tiempo.
Saludos